De la Secretaría Académica dependen las Direcciones de las siete carreras de grado que se dictan en la FADU y la Dirección de Urbanismo creada en 2011 con el objetivo de articular los contenidos disciplinares en el grado, posgrado e investigación en esa área. En un trabajo articulado con la Secretaría Académica y la Dirección Técnico Académica que depende de ella, cada Dirección anualmente elabora el Plan de Labor y cronograma académico, supervisa las designaciones docentes y realiza reuniones por área de coordinación de programas y contenidos.